Bên cạnh tổng đốc và Trưởng phòng Nội vụ, văn phòng tổng đốc là một bộ máy quan liêu phân cấp chặt chẽ bao gồm các bộ phận thực thi pháp luật, nông nghiệp, tài chính, giáo dục, khai thác, đối ngoại và tư pháp. Các cơ quan chính phủ khác bao gồm các tòa án , cơ sở sửa chữa, trại trẻ mồ côi, học viện cảnh sát, giao thông và cảng vụ, văn phòng độc quyền, trường học các cấp, một trạm nghiên cứu nông lâm nghiệp và Đại học Hoàng gia Taihoku (Đại học Quốc gia Đài Loan ngày nay).

Về mặt hành chính, Đài Loan được chia thành các quận để quản lý địa phương. Các phủ được phân chia năm 1926: